La destruction de la prison d’Arashi a plongé le monde dans le chaos. Trois Grandes Nations ont décidé de rouvrir leurs villages cachés pour faire face à ces nouvelles menaces. Dans l’ombre, cependant, le Jinsei – une organisation s’érigeant en défenseur de l’Humanité et réclamant la fin de l’ère des shinobis – a œuvré pour déclencher à Hi, à Kaminari et à Kaze une guerre civile, où s’opposent shinobis et civils rejoignant ses idéaux. Dans ce monde au bord de l’implosion, vous battrez-vous aux côtés de l’organisation qui milite pour un nouvel ordre mondial ? Vous érigerez vous en rempart contre la prise de pouvoir du Jinsei ? Ou saurez-vous, dans ce chaos ambiant, tirer avantages et profits pour votre compte personnel ?