Premières défenses du village, les remparts encerclent Konoha et se rejoignent autour d’une montagne. Ils sont haut de plusieurs dizaines de mètres et suffisamment épais pour que les shinobis du village effectuent des rondes sur ses créneaux afin de surveiller les alentours. Les immenses portes du village donnant sur l'avenue principale qui remonte jusqu'au Palais du Hokage sont gardées jour et nuit par des escouades de shinobis Konohajins.

L’immense bâtiment rouge surplombe le village. Les axes principaux de Konoha mènent tous au palais, accolé à la montagne devant laquelle le village a été construit. C’est là que travaille l’Hokage, dans un grand bureau circulaire au dernier étage du bâtiment. C’est là que se concentre également la plupart de l’administration du village, dont le bureau des missions.Les sous-sols du palais sont un immense dédale, quasiment plus utilisés aujourd’hui, encore infestés de végétation. Seules quelques salles d’archive, des cellules et quelques salles d’interrogatoire. Face au palais se trouve une grande place où les Konohajins se regroupent pour les discours officiels, faits généralement sur le toit du palais qui comporte une grande terrasse.

Les nombreuses rues de Konoha sont animées d’échoppes et de magasins en tous genres : fleurs, armes, nourriture, vêtements… tout est trouvable au village. Les odeurs des restaurants envahissent les rues dès les premières lueurs du jour. Des commerçants de tout le Yuukan se pressent pour vendre leur marchandise. Parfois, la nuit se pare de lumières colorées à l’occasion de marchés nocturnes.

Bien que plusieurs logements se situent dans le coeur animé du village, d'autres au contraire ont préféré s'éloigner des quartiers commerçants à la recherche d'espaces plus calmes, discrets et familiaux regroupés en petits lotissements. L'espace public y est d'ailleurs partagé et il n’est donc pas anormal d’y voir plusieurs familles de différents horizons, traditions et cultures s’y mélanger pour une riche harmonie.

L’étendue de Konoha lui permet d’avoir de nombreux terrains d’entraînement à ciel ouvert avec différents biomes : ainsi, des terrains peuvent être recouverts d’arbre et de végétation, tandis que d’autres sont totalement vierges de tout obstacles. Certains sont traversés par une rivière, d’autres encore jonchés de rochers. On y trouve généralement les aspirants ninjas et les Genins avec leurs professeurs.

Fierté de Konoha et de Hi, le complexe scientifique et hospitalier nommé d'après la Shodaime Hogenzou est un immense bâtiment regroupant les services hospitaliers et les services de recherche scientifique du village. Doté du meilleur équipement, des meilleurs médecins et des meilleurs scientifiques du pays, le complexe possède de nombreuses chambres, des laboratoires ou encore des serres. Si l’hôpital est surtout réputé pour les soins apportés aux shinobis, les simples civils y sont également soignés.